Formiranje službe zaštite kulturne baštine na prostoru Sarajeva započinje 1963. godine osnivanjem Fonda za uređenje Baščaršije. Nakon ukidanja Fonda, Odlukom Gradskog vijeća grada Sarajeva, 1965. godine osnovan je Gradski zavod za zaštitu i uređenje spomenika kulture. U decenijama koje dolaze prerasta u dobro organizovanu i moderno opremljenu specijalizovanu ustanovu koja bilježi značajne rezultate na zaštiti i obnovi spomeničkog fonda. Do 1977. godine na čelu ove ustanove se nalazio Alija Bejtić, a u narednom periodu direktori Zavoda bili su Stevan Borozan, Emira Zečević, Dženana Gološ, Valida Čelić-Ćemerlić, Munib Buljina, Nervin Dacić i v.d. Amra Čusto.
Od avgusta 2021. godine, funkciju direktora Zavoda obnaša dr Boris Trapara, dipl. ing. arh.
Odlukom Skupštine Kantona Sarajevo 1997. godine, Kantonalni zavod za zaštitu kulturno-historijskog i prirodnog naslijeđa Sarajevo preuzima u nadležnost cjelokupno kulturno-historijsko i prirodno naslijeđe na prostoru Kantona Sarajevo.
Osnovni cilj: očuvanje sarajevske baštine, Zavod ostvaruje kroz sljedeće vidove rada:
- zaštita i čuvanje spomenika
- evidentiranje pokretnog i nepokretnog naslijeđa
- prikupljanje dokumentacije o spomenicima
- valorizacija baštine
- izrada separata zaštite naslijeđa u oblasti prostornog planiranja
- izrada projekata, elaborata i studija
- radovi na spomenicima
- popularizacija kulturno-historijskog i prirodnog naslijeđa
Danas u Kantonalnom zavodu rade stručnjaci iz najrazličitijih oblasti, od arhitekata, historičara, historičara umjetnosti, biologa, orijentaliste i pravnika, organizirani u pet sektora i šest službi:
- Rukovođenje i poslovodstvo
- Sektor zaštite pokretne i nematerijalne baštine
2a) Služba za zaštitu pokretnog kulturnog naslijeđa
2b) Služba za zaštitu nematerijalnog kulturnog naslijeđa - Sektor zaštite nepokretne i prirodne baštine
3a) Služba za zaštitu nepokretnog kulturnog naslijeđa
3b) Služba za zaštitu prirodnog naslijeđa - Konzervatorsko-restauratorski Sektor
- Informacijsko-dokumentacioni Sektor
5a) Služba dokumentacije baštine i zaštite Baščaršije
5b) Služba informacijsko-prezentacijskih poslova