Formiranje službe zaštite kulturne baštine na prostoru Sarajeva započinje 1963. godine osnivanjem Fonda za uređenje Baščaršije. Nakon ukidanja Fonda, Odlukom Gradskog vijeća grada Sarajeva, 1965. godine osnovan je Gradski zavod za zaštitu i uređenje spomenika kulture. U decenijama koje dolaze prerasta u dobro organizovanu i moderno opremljenu specijalizovanu ustanovu koja bilježi značajne rezultate na zaštiti i obnovi spomeničkog fonda. Do 1977. godine na čelu ove ustanove se nalazio Alija Bejtić, a u narednom periodu direktori Zavoda bili su: Stevan Borozan, Emira Zečević, Dženana Gološ, Valida Čelić-Ćemerlić, Munib Buljina i Nervin Dacić, v.d. Amra Čusto i Boris Trapara.
Od aprila 2026. godine, funkciju direktorice Zavoda obnaša Azra Sarić, MA arheologije.